Zelená oáza v centru Prahy je po celý rok vyhledávaným útočištěm nejen znavených Pražanů, ale především studentů přírodovědných oborů a milovníků flóry z celého světa. Botanická zahrada Na Slupi vlastní jednu z nejlepších sbírek středoevropské květeny, k impozantním exemplářům se řadí i přes sto třicet let stará obří bonsaj jinanu dvoulaločného – Ginkgo biloba cv. Praga.
Botanická zahrada Univerzity Karlovy byla založena roku 1775 Josefem Bohumírem Mikanem a byla umístěna na Smíchově v místě, kde dnes začíná Jiráskův most. Na své současné stanoviště na Novém Městě musela být zahrada přenesena kvůli četným povodním, které ji sužovaly. Roku 1880 tak pražské univerzity – česká a německá – odkoupily od České společnosti pro zvelebování zahradnictví v Praze zahradu na Slupských stráních, kterou převzaly spolu s velkým skleníkem z 19. století i se sbírkou rostlin.
Od samého počátku byla slupská botanická zahrada rozdělena na českou a německou. Česká univerzita obsadila pozemek v dolní části s původním skleníkem, v Benátské ulici byl pro potřeby české univerzity zbudován nový botanický ústav. Německé univerzitě připadla horní část zahrady, kde byly roku 1900 vztyčeny nové technické skleníky, německý botanický ústav byl postaven ve Viničné. Sbírky rostlin ze Smíchova se mezi německou a českou univerzitu rozdělily rovným dílem. Některé exponáty ze smíchovské zahrady jsou dnes stále k vidění, jde například o vzrostlé cykasy, kamélie a myrty.
Roku 1901 zahradu navštívil císař František Josef I. Nově vzniklý ústav však prý ještě nebyl dostatečně vybaven a skříně, kde měly být vystaveny preparáty, zely prázdnotou. Profesor fyziologie rostlin Bohumil Němec situaci zachránil tím, že zakoupil skleněné válce, které naplnil lihem a rostlinami natrhanými v zahradě. Císař během návštěvy údajně poznamenal, že květy vypadají velmi čerstvě, načež profesor Němec odpověděl, že je to díky nové konzervační metodě, kterou v ústavu objevili.
Německá a česká část zahrady byla oddělena tenkým plotem, na pohled tak místo působilo celistvě a z archivních záznamů je zřejmé, že spolu vědci spolupracovali. Budovy německé i české instituce vznikly podle stejného architektonického návrhu, což je patrné z dobového plánku. Otevření nové zahrady a zprovoznění příslušných ústavů se stalo významným krokem pro rozvoj pražské botaniky. Roku 1904 byla založena sbírka středoevropské květeny, která je dnes tím nejcennějším, co může návštěvník spatřit.
V důsledku uzavření českých vysokých škol došlo roku 1940 ke sloučení obou zahrad. Německá univerzita převzala českou zahradu i její botanický ústav, během překotného stěhování však bylo ztraceno mnoho zápisků a preparátů.
Bombardování Prahy 14. února 1945 zcela zničilo německé skleníky a ty české byly poškozeny. Po skončení války připadla celá zahrada i zbývající budovy české Univerzitě Karlově, plot byl zbourán, český botanický ústav se navrátil do budovy v Benátské ulici a budova ve Viničné připadla ústavu pro fyziologii rostlin. Poškozené české skleníky byly v letech 1946–1949 zcela přestavěny.
Roku 1978 došlo k vyčlenění botanické zahrady z Přírodovědecké fakulty UK a ta se stala samostatnou institucí. V letech 1996–1999 pak byly skleníky se souhlasem památkářů zrekonstruovány do původní podoby ze 40. let.
